日本农产品流通有很多中间环节。从农家到消费者之前，奶产品需经过酪农农协、乳业加工厂商；蔬菜需经过农协、市场；大米需经过农协、政府、米谷业者。为了保障农户在产品流通中的利益，政府这只“手”始终发挥着作用。
早在1966年，日本就出台了《蔬菜生产上市安定法》，建立蔬菜基地，适时调节蔬菜价格，并保护菜农的利益和积极性。2010年3月，日本内阁会议通过了新的《食品、农业和农村基本计划》，提出要从增加农民收入的角度出发，创造新的商业模式。
目前，为了减少流通环节雁过拔毛，日本地方政府提倡农产品直销。日本的农产品直销形态各异，有农民把产品放在自己家里，通过网络等现代科技手段直接销售给客户，目前，在日本网上购物流行，蔬菜网上销售也成为新生事物，只是消费者一次购买量要大，少了运输成本太贵，不划算。有的则在农协的帮助下多家出资建立农产品直销设施，把农产品拿到设施里直接销售。
农产品直销可把流通费用降到最低，市场价格可成为农民的全部收入，农民收入大幅提高。通过农产品直销，农民可直接定价，一般情况下低于经过诸多流通环节的商店零售价格，深受消费者的欢迎。农民在销售农产品的过程中可直接听到消费者对农产品的评价，对提高农民种田的积极性有很大帮助，日本小型城镇农产品直销搞得相对成功，大多要通过农协代理销售，经过诸多流通环节。
日本的流通环节多虽然在一定程度上推高了菜价，但总体来说各个环节推高菜价的空间不大，因为无论农协还是批发商所占的比例都是固定的，农协因为不是盈利机构，而是代表农民利益的类似于工会的组织，不可能从中牟取暴利，批发商根据市场价格与农协谈判，最终只能赚取7%至8%的手续费，到了商场也只能在进货的价格上加40%左右，太高了卖不出去，同时也受日本反暴利法的限制。因此，日本的菜价总体来说是比较稳定的，同时有进口蔬菜补充，进口蔬菜价格相对便宜。
日本的蔬菜自给率可达60%，剩下的部分依赖进口，日本为了控制外国蔬菜冲击本国蔬菜，进口外国蔬菜时关税很高，检查严格，而且限量，如果某种蔬菜收成不好，日本会根据情况调整蔬菜进口比例。日本的蔬菜价格居高不下主要原因是政府保护农民利益限制进口外国农产品的政策所致，好处是有关法规和制度比较健全，各个流通环节都不能牟取暴利，哄抬物价，农民利益也可以得到保护，菜价相对稳定。
